Kasvigeenivarojen säilytyksessä tulee ottaa huomioon eri lajien lisääntymisbiologia, jotta kukin lajike, linja tai maatiaiskanta voidaan säilyttää geneettisesti aitona ja elinkykyisenä näytteenä. Myös varmuuskysymykset tulee ottaa huomioon säilytysmenetelmää valittaessa. Säilytysmenetelmät voidaan ryhmitellä esim. seuraavan jaottelun mukaan.
Ex situ säilytys tarkoittaa kasvigeenivarojen säilytystä muualla kuin niiden luonnonmukaisessa kasvuympäristössä. Esimerkiksi siemenien säilytys geenipankkien pakastimissa tai mikrolisättyinä kasveina koeputkissa (in vitro) on ex situ säilytystä. Myös kansallisen kasvigeenivaraohjelman pelto- tai kenttägeenipankit ovat ex situ-kokoelmia. Kylmä- eli kryosäilytys on sopiva menetelmä kasvullisten lisättävien lajien kuten vadelman varmuussäilytykseen.
In situ
In situ säilytys tarkoittaa kasvigeenivarojen säilyttämistä niiden luonnollisessa kasvuympäristössä tai ympäristöissä, jossa ne ovat kehittäneet erityisominaisuutensa. Esimerkiksi nurmikasviemme luonnonvaraisia kantoja voitaisiin ex situ säilytyksen lisäksi säilyttää niiden luontaisilla kasvupaikoilla sekä hoidetuilla että luonnonniityillä, jolloin niiden populaatiot kehittyvät edelleen erilaisten valintapaineiden alla. In situ säilytyksen kuuluu myös esim. maatiaisviljojen viljelysuojelu (on farm -säilytys) ja puutarhakasvien säilytys kotipuutarhoissa (on garden -säilytys).
