Kannattavuuskirjanpidossa tarvittavat rahatulot ja menot saadaan useimmiten suoraan tilan verokirjanpidosta. Mikäli tallennukseen on käytetty Wakka-ohjelmistoa, tiedot on myös siirrettävissä suoraan Luken Tilastopalveluiden kannattavuuskirjanpitojärjestelmään. Näiden tietojen lisäksi tarvitaan viljelytiedot, tuotantomäärät, tuote- ja panosvarastojen määrä- ja arvotiedot sekä käyttöomaisuudessa tapahtuneet muutokset ja työtuntien määrät.
Tietojen laadunvarmistus
ProAgria Keskukset, vastaavat ruotsinkieliset järjestöt ja Kauppapuutarhaliitto keräävät kannattavuuskirjanpitotilan ja tallentavat ne Luken Tilastopalveluiden tietojärjestelmään. Tallennuksen jälkeen keräävät tahot tarkastavat tiedot Luken Tilastopalveluiden internet-pohjaisella tarkastusjärjestelmällä. Järjestelmässä on 6 000 testiä, jotka tarkastavat monipuolisesti yritysten talouteen ja myös fyysiseen tuotantoprosessiin liittyvät tiedot tilakohtaisesti.
Tämän jälkeen tiedonkerääjät toimittavat tiedot Luken Tilastopalveluun, jossa ne käydään läpi. Tietojen ja niistä laskettavien tulosten luotettavuuden takaamiseksi tiedot tarkastetaan edelleen EU:n Komission Luxemburgissa sijaitsevalla internet-pohjaisella tarkastusjärjestelmällä. Jokaisen yrityksen tiedoille tehdään tuhansia yksittäisiä tarkastustestejä. Tarkastuksen jälkeen tiedot kootaan yhteen tietokantaan.
Tulosten laskenta
Kannattavuuskirjanpidossa maatilan toiminnot jaetaan varsinaiseen maatalouteen, puutarhatalouteen, metsätalouteen, porotalouteen sekä muuhun yritystoimintaan. Yksityistalouteen liittyviä asioita ei kerätä. Yritystoimintaa koskevien tietojen perusteella lasketaan maatilan eri toimialojen tilinpäätökset sekä taloudellista asemaa ja kehitystä kuvaavat tunnusluvut.
Tulokset julkaistaan alueittain, kokoluokittain ja tuotantosuunnittain ryhmäkeskiarvoina sekä kootaan Taloustohtori –sivuston Maa- ja puutarhatalous verkkopalveluun. EU julkaisee FADN-aineiston pohjalta kaikkien jäsenmaiden keskiarvotulokset (http://ec.europa.eu/comm/agriculture/rica/), jotka tarjotaan myös suomeksi ja ruotsiksi Taloustohtori-sivuston FADN Advanced Results ja FADN Standard Results -verkkopalveluissa.
Tilapalaute- sekä vertailu- ja ennusteraportit
Kannattavuuskirjanpitoon osallistuva yritys saa vuosittain tilapalautteen, joka sisältää tulos- ja taselaskelmat, tarkemman tuotto- ja kustannuserittelyn maa- ja puutarhataloudesta, maksuvalmiuslaskelman sekä talouden tunnuslukuraportin ja yhteenvedot varasto-, työnmenekki-, pellonkäyttö- ja satotiedoista.
Jokaiselle kirjanpitotilalle tulostetaan vuosittain myös vertailuraportti, joka sisältää yrityksestä sekä tarkasteltavan että edellisen tilikauden tilinpäätöksen ja tunnusluvut. Lisäksi raportissa on vastaavat keskiarvotiedot vertailuryhmästä. Vertailuryhmän tulokset ovat samalla alueella vastaavaa tuotantoa harjoittavien samankokoisten kannattavuuskirjanpitoyritysten painotettuja keskiarvoja. Vertailuryhmästä on lisäksi laskettu hyvän ja heikon ryhmän tulokset, jotta yrittäjä voi tarkastella oman yrityksensä sijoittumista vertailujoukossa. Kirjanpitoyrityksille tuotetaan vuosittain vertailuraporttia vastaavat tiedot sisältävä ennusteraportti, jossa tarkastellaan toteutuneen tilivuoden asemesta ennustevuotta.